史料基础的硬性约束
茅海建的方法完全依赖史料的存在和可获取性。没有史料或史料严重缺失的历史问题，无法使用他的考证方法。
这个限制在研究早期历史、民间历史、边缘群体历史时尤其明显。文字记录稀少的时代和阶层，很难进行茅海建式的交叉验证。
史料的语言和文化背景也是限制因素。如果史料使用研究者不熟悉的语言，或者涉及研究者不了解的文化语境，误读和误解的风险会大幅增加。
官方史料和精英史料的过度代表性是另一个问题。用这类史料重构的历史可能系统性地忽略普通人的经历和观念。
时效性限制
茅海建的方法对时间敏感度很高。距离事件时间越近的记录，可信度通常越高；但这个规律有例外情况。
有些事件的真相需要时间才能显现，当事人在事发时可能不了解事件的全貌。后世史料虽然时间较晚，但可能包含更全面的信息。
政治敏感事件的记录往往存在时间延迟。当时不敢记录或公开的信息，可能在政治环境改变后才出现可靠记录。
个人回忆虽然时间较晚，但对于理解当事人的主观动机和心理状态，有时比同时期的客观记录更有价值。
文化解释的局限
茅海建强调回到历史情境，但现代研究者很难完全摆脱现代观念的影响。即使掌握了当时的客观条件，对当时人心理和价值观的理解仍可能存在偏差。
跨文化研究时这个问题更突出。研究外国史料或涉及中外交往的事件时，研究者需要同时理解多种文化背景，难度成倍增加。
语言的历史变迁也是挑战。同一个词汇在不同时代的含义可能不同，现代研究者容易用现代理解去解释古代用词。
地域文化的差异同样重要。同一时代不同地区的文化观念和行为模式可能差别很大，不能用一地的标准去理解另一地的行为。
方法过度使用的风险
过分依赖史料考证可能导致见树不见林，沉溺于细节考证而忽略历史的整体脉络和深层规律。
把所有历史问题都当成史料辨伪问题来处理，可能忽略历史事件的复杂性和多层次性。不是所有历史争议都能通过史料考证解决。
对史料可靠性的过度怀疑可能导致历史虚无主义，认为没有任何历史真相可以确定。这种极端态度同样有害。
过分强调证据等级可能导致史学研究的保守化，只敢研究史料充分的问题，而对史料不足但同样重要的历史问题缺乏关注。
适用场景的明确界限
这套方法最适合研究具体的历史事件和历史人物，特别是政治史和外交史领域的争议性问题。
对于需要长时段分析的历史趋势和历史规律，茅海建的微观考证方法效果有限。宏观历史问题需要不同的分析工具。
思想史和文化史研究中，纯粹的史料考证方法也有局限。这些领域更需要理解和阐释，而不只是考证和验证。
社会史和经济史研究往往需要处理大量统计数据和趋势分析，茅海建的个案考证方法需要与量化分析方法结合使用。
误用预警信号
如果你发现自己只关注史料的真假问题，而对史料反映的历史内容缺乏深入思考，可能是过度使用考证方法。
如果你的研究结论只是纠正了某些史料错误，但没有推进对历史问题的整体理解，可能是陷入了技术主义陷阱。
如果你因为史料不足而完全避开某些重要的历史问题，可能是过分依赖茅海建的方法而忽略了其他有效的研究路径。
如果你的史学研究变得过分技术化，普通读者难以理解其意义和价值，可能需要重新平衡考证与阐释的关系。