经济决定论的过度化
经济结构确实深刻影响社会，但不是唯一的决定因素。政治、文化、思想、个人选择都会对经济产生反作用。用纯粹的经济解释来说明所有现象，容易忽视这些其他因素的影响。
数据的可靠性问题
近代中国的经济数据往往不完整、不精确，甚至有很多是事后估算。基于这些数据的分析，其精确度本身就有很大的局限。不能过度相信历史经济数据的细节，而应该更关注大的趋势。
反事实推理的风险
"如果当时做了X，现在就会是Y"这类推理很吸引人，但风险也很大。历史是实际发生的事件，任何改变一个事件就意味着整个历史链条都会改变。反事实推理只能是启发性的，不能作为定论。
忽视了行为体的多样性
经济学往往假设所有人都是理性的经济行为人。但实际的历史中，人们的动机多元而复杂。有人为了钱，有人为了权力，有人为了信念。这些多元动机不能都用经济利益来解释。
西方模式的假设
很多近代经济史研究都以西方的工业化为参照，问"中国为什么没能像西方一样工业化"。但这个问题本身就暗含了一个假设——工业化是必然的、唯一的进步道路。实际上可能有多种发展道路。
时间尺度的问题
看几十年和看几百年，对历史的理解会完全不同。有些短期看是失败，长期看可能只是调整。而有些短期的成功，可能埋下了长期的问题。但我们往往倾向于用更长的时间尺度来解释西方的成功，用更短的时间尺度来解释中国的失败。
制度决定论的过度化
虽然制度很重要，但制度本身也是由历史条件塑造的。说"如果有了某种制度就会成功"，往往忽视了为什么这种制度很难建立、为什么一旦建立就很难改变的问题。制度既是条件，也是结果。
经济与其他学科的割裂
经济现象往往交织在政治、社会、文化的变化中。但经济史研究有时会把经济问题单独拎出来分析，忽视了这些领域之间的深层互动。全面的历史理解需要多学科的整合。